Die Naturwissenschaften sind in der Klassenstufe 5 und 6 im Fächerverbund BNT (Biologie, Naturphänomene und Technik) vereint.
An der Realschule Rheinau wird ab der 7. Klasse das Fach Biologie und Physik unterrichtet. Der Fachunterricht für Chemie beginnt in Klasse 8.
Naturwissenschaften haben an der Realschule Rheinau einen hohen Stellenwert. Das zeigt sich an den erfolgreichen Teilnahmen von Klassen mit ihren Projekte beim realschulspezifischen Nanu-Wettbewerb („Neues aus dem naturwissenschaftlichen Unterricht“). Neben dem Erreichen des Landesfinales gewannen Schülergruppen mehrmals Platzierungen unter den ersten Drei.
